Первый приказ о подготовительных мероприятиях, необходимых для начала деятельности Пятого арбитражного апелляционного суда, вышел 3 ноября 2006 года (Приказ Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации №342КС). Этим же приказом исполняющей обязанности председателя суда была назначена Алферова Наталья Викторовна, судья апелляционной инстанции Арбитражного суда Приморского края. Первое время суд размещался в здании по ул. Светланская, 52, в пяти кабинетах, предоставленных в пользование Арбитражным судом Приморского края. Новое 9-ти этажное здание Пятого арбитражного апелляционного суда, качественно отремонтированное в течение 2008-2010 годов, соответствует современным требованиям. Его техническое оснащение не имеет аналогов на территории Приморского края и всего Дальневосточного округа. В Пятом арбитражном апелляционном суде действует президиум, который рассматривает вопросы судебной практики и другие вопросы организации работы суда. В него входят председатель суда, заместители председателя суда, председатели судебных составов и судьи (судьи, утвержденные Пленумом Верховного Суда Российской Федерации по представлению председателя арбитражного апелляционного суда).
Понедельник - четверг 09:00 - 17:50, Пятница 09:00 - 16:10, перерыв на обед 12:00 - 13:00, суббота, воскресенье – выходные дни