До 1959 года на территории района действовал Пришекснинский районный народный суд. По решению Вологодского областного Совета народных депутатов от 21 ноября 1959 года Пришекснинский район был ликвидирован и частично присоединен к Чебсарскому и Череповецкому районам. На территории поселка Шексна был создан народный суд 2-го участка Чебсарского района, в поселке Чебсара работал суд 1-го участка Чебсарского района. В 1963 году Чебсарский район был упразднен и его территория была отнесена к Вологодскому району. В марте 1963 года в поселке Чебсара была организована постоянная сессия Вологодского районного народного суда, которая в 1965 году была переименована в Шекснинский районный народный суд. С этого времени на территории района действовал Шекснинский районный народный суд, который в 1997 году был переименован в Шекснинский районный суд Вологодской области.
Понедельник-четверг с 8.00 до 17.15, пятница с 8.00 до 15.00, перерыв на обед с 12.00 до 13.00, суббота, воскресенье – выходные дни