Приказом председателя Верховного Суда РФ от 9 декабря 1999 года № 435 кд, военный суд Выборгского гарнизона был переименован в Выборгский гарнизонный военный суд. В этом качестве он осуществляет свои функции по отправлению правосудия на подведомственной территории и в настоящее время.
В настоящее время штатная численность составляет 20 судей. По состоянию на 01 января 2020 года в Выборгском городском суде Ленинградской области работают 17 судей.
