Черкесский городской суд имеет следующую организационную структуру: судьи, помощники судей, отдел судебного делопроизводства и кадрового обеспечения, отдел судебной статистики, кодификации и правовой информатизации, отдел обеспечения судопроизводства по уголовным и административным делам, отдел обеспечения судопроизводства по гражданским делам, обслуживающий персонал.
В постсоветское время в связи с повышением статуса автономной области до уровня республики 22 января 1993 г. вышло постановление Верховного Совета Карачаево-Черкесской Республики №10-ХХI в соответствии с которым областной суд был преобразован в Верховный Cуд Карачаево-Черкесской Республики. Первым председателем Верховного суда был заслуженный юрист Российской Федерации Магомет Абреков (ум. 1996 г.). С 1997 по 2007 год судебную ветвь власти республики возглавлял судья высшего квалификационного класса, член Совета судей России Ислам Бурлаков.
История создания Арбитражного суда Карачаево-Черкесской Республики берет начало 24 апреля 1992 года, когда на Х сессии Совет народных депутатов Карачаево-Черкесской автономной области принял решение об образовании Высшего арбитражного суда Республики с избранием председателем суда Асланукова Хамзата Билялевича.Деятельность арбитражных судов на начальном этапе становления сопровождалась значительными сложностями, так как не было возможности создания суда на базе уже функционирующего органа государственного арбитража - ранее споры рассматривались государственным арбитражем Ставропольского края, в состав которого входила до 1991 года Карачаево-Черкесская автономная область.
